1985年，苏州市政府透过知名学者钱钟书写信，邀请钱穆访问并庆祝苏州建城两千五百年，但因居中转信疏漏，加上客观的政治环境限制，钱穆始终未能赴约。但钱穆对故土的怀念与情感无庸置疑，他对中国的改革，乃至于要发展有中国特色的社会主义更是满怀希望。

钱穆的风骨在他对著作的坚持上得见一斑。台湾孔孟学会曾邀钱穆写作《孔子传述》一书，钱穆一改常人写作生平历史的习惯，从各项孔子行述学说的疑义着手，成一家之言，并坚持易经非孔子所着的史学论点，让孔孟学会大为不满，要求钱穆改稿，否则即拒绝出版。但钱穆坚持不改，把稿件交其它单位出版。

此事发生的五十年前，钱穆《国史大纲》出版后，同样也遭国民政府审查处刁难，坚持要钱穆更改对太平天国的评价后始得付印，钱穆同样坚持不改，以致拖了半年才出版。

《国史大纲》为钱穆一生力作，除了学术贡献外，爱国的精诚更是让人动容。对钱穆而言，《国史大纲》的写作构想是源自九一八事变后的乱局，本来就是一部抗日救亡、宣传爱国的国史教科书，因为唯有熟习历史，培养国民对历史的关切与温情，才能达到救亡图存的真正目标。

钱穆晚年多次指出，中国人对中国文化失去信心是中国文化的最大危机，学校教育偏重自然科学，崇洋蔑己，更是中国文化的隐忧。钱穆也说，中国从无帝国主义侵略他国的文化传统，向来强调"不嗜杀人者能一之"，才是真正的世界性和平观。

钱穆也曾为文指出，中国国家的完整与持久统一性，是中国固有传统，改朝换代只是国内政府改组，而非中国人征服中国人。因此未来中国走向和平统一目标，才符合历史传统文化的民族性，不同政治意见都必须在同一个国家的框架下，由中国人来领导中国。

1985年，江苏古籍出版社提出出版钱穆全集的构想，他自己却打了回票。钱穆不赞同以简体字出版中国学术作品；很多他手边未发表或即将发表的新作未被纳入出版计划；同时钱穆在两岸对峙期前后，曾发表部分高度政治性言论，但他主张负文责，反对修改、删节，此争议几经协调才暂告落幕。

1986年，在蒋经国的邀请下，九十二高龄的钱穆受聘为总统府资政。为表达对钱穆的敬重，蒋经国特委由总统府秘书长沈昌焕，亲到素书楼致送聘书，一时传为美谈，显示两蒋对一代儒宗的高度尊重。钱穆则说，在他之前从无学者出任资政的前例，他是为知识分子开这个先例。

1986年6月9日是钱氏告别杏坛的"最后一课"，他以"正视历史、胸怀中国"为题，发表告别演说，老学生纷纷回台共襄盛举，曾是新亚书院学生的台大教授逯耀东，曾是北大学生、担任过台湾警政署长的上将孔令晟，担任国民党文工会主任与蒋经国私人秘书的宋楚瑜，都赶赴外双溪素书楼上课，这一堂课冠盖云集，国府行政院长俞国华特赠一幅"鸿儒硕望"镜屏，以示敬意。

钱穆最后给中国青年的赠言是"你是中国人，不要忘记了中国！"他希望后辈不要看轻自己，将自己的文化一笔抹煞，必须抱着"士不可以不弘毅"的精神，从事理中探寻中国本源。

国学大师钱穆当天正式宣布自中国文化大学荣休，结束74年教育生涯。但基于对教育的热爱，以及对毕生心血的珍惜，钱穆晚年虽不良于行，且身体不佳，仍于1989年赴香港参加新亚书院四十周年庆，足见一代大师的坚持。

只是在西风东渐之际，钱穆的主张与看法逐渐失去商业市场。钱穆强调"君子不党"，捐弃党派私见的主张，更与台湾逐渐党同伐异的政治现实有相当差距，显得不合时宜。这或许也是被尊为当代师表的钱穆，无法摆脱的悲剧命运。时代的无情，让钱穆如同旧传统与政治象征的神牛，晚年竟遭遇无情对待。

1988年，台湾在野人士组成了民进党，成为台湾政坛的一股新势力，打击国民党党国体制、中国文化传统以及各种旧传统的象征，成为在野人士成名的终南快捷方式，陈水扁正是其中的佼佼者。在这一波波的政治批判与清算中，首当其冲的蒋家固然遭遇打击，但毕竟余荫尚在，反对党难有作为；国学大师钱穆却是饱受屈辱与批判，最后抑郁而终。