度过草创时期的极度艰困，新亚书院获得美国哈佛燕京学社、洛克斐勒基金会支持，与耶鲁大学合作交换学人，情况告好转。新亚在1952年有了第一届毕业生三人，其中一人便是史学大家余英时。

积极办校的钱穆自奉简朴，创校时栖身在简陋的新亚校舍中；日后搬到贫民区的钻石山，赁屋而居，每天搭巴士到学校；后又搬到偏远乡村沙田西灵寺旁，从未向校方申请公费补助，仍旧每天搭巴士、火车上课。

钱穆虽在港办学，并没有断了与国民政府联系。随着蒋介石在台政务与各项文化建设逐渐展开，钱穆多次受邀赴台讲学，传递中国文化与历史精神。

抗战时，钱穆就数度于四川会见蒋介石，谈及理学与历史，老蒋托钱穆编写《清儒学案》，邀他到重庆中央训练团演讲，素有交情。

钱穆创办新亚书院后，蒋介石不但亲自邀请钱穆来台一叙，由宋美龄、蒋经国招待，同时指示台湾行政当局每月拨给港币三千元，供新亚纾解资金困境，前后长达四年，直到耶鲁大学提供新亚书院补助为止。1950年之后，钱穆大约每年受邀到台湾演说或与蒋介石小叙，蒋经国多会作陪，与钱穆建立一定交情。钱穆曾考虑在台兴办新亚分校，但因未获国民党支持，不了了之。

1952年4月16日，钱穆应朱家桦邀请，来台为"联合国同志会"演讲，活动借用淡江文理学院新落成但尚未验收的"惊声堂"举办，聚集四百余人聆听钱穆关于唐宋史的看法。演讲完毕，在答问之际，讲台前的屋顶突然掉下大水泥块，第一排的贵宾听众、活动主持人以及钱穆均遭波及，多人受伤，应邀听演说的立委柴春霖重伤当场死亡。

意外发生时，钱穆头部遭到石块重击昏厥，险遭掉落的碎石活埋，众人将他从石堆中救出，送台北中心医院急救，幸而无性命危险。蒋经国、张群、何应钦等人闻讯，立即赶赴探望。身受重伤、不便行动且须治疗，钱穆只能赴台中存德巷养病四月，直到1952年八月才返港。

讲堂塌陷意外却开启钱穆的另一场人生意外，养病期间，任职台中师范学院图书馆的新亚学生胡美琦，常来照料，陪同钱穆到台中各地散步、旅游，也协助钱穆搜集藏书研究，为日后共结连理埋下种子。

胡美琦出身名门，江西南昌人，父亲是国民政府时期的江西省主席胡家凤，与钱穆本是旧识，1950年由港赴台任国策顾问；兄长胡美琼曾担任台湾省公路局长。胡美琦对历史与教育别有研究，日后曾在文化大学任教，文笔颇佳，钱穆晚年因眼疾无法专心著述，皆由胡美琦代整理付印才能顺利出版。

胡美琦曾说，两人之间并非浪漫的爱情，她因景仰钱穆人格学养，愿意委身下嫁，照料不时为胃疾困扰的钱穆。

1956年1月30日，钱穆与胡美琦在九龙亚皆老街"更生俱乐部"举行婚礼，老夫少妻相差35岁，且是师生恋，外界议论纷纷，这对新人因而格外低调，仅邀新亚同事眷属十余人参加婚礼。

婚后钱穆与胡美琦仍暂住九龙钻石山，虽然不富裕，但生活饶富情趣，夫妇俩每天必然偕手散步。名作家金庸日后于小说后记中提到，"看到钱穆夫妇婚后幸福生活，实感敬佩。"

婚后钱穆并未忘记学术，《先秦诸子系年》由香港大学再版，《王阳明先生传习录及大学问节本》、《中国学术史论集》也陆续出版。新婚这一年，钱穆为新亚书院争取到美国方面每年两万五千美元的补助，解除新亚的经济危机。注重英语教学与文化的香港大学，也在同年颁给钱穆名誉博士学位。

但从1959年开始，随着政治情势紧绷，中国大陆对钱穆展开批判，质疑他所着著《国史大纲》充满唯心主义与传统思想，批评钱穆是个文化掮客，继而批判钱穆保守反动。但事实上，钱穆除了全力发扬中国传统文化外，对台湾国民政府的政治作为并不太关心，也并未热心参与或发表意见。