盲目轻信，而是要重新回到认识论上去，探寻追求真理的方法论，彼时秦晓接触众多当时的知识精英，包括孔丹等当年的同学、“农村发展研究组”的一群年轻人、金观涛夫妇等。
交流的过程激发了秦晓对知识扩充的需求，1980年，秦晓已年过三十，但他仍然渴望继续学习，考入中国矿业大学学经济，攻读企业管理系研究生。
其间，秦晓研读了大量讨论体制改革的书籍，“邓小平启动改革开放后，我们也卷进去成为一个参与者，虽然层面不一样，但也都关注着，参与思考。”秦晓说。
秦晓认为，20世纪80年代初是中国现代性转型进程中具有重要意义的年代，其主要标志是所谓“第二次思想启蒙运动”的发端和市场化经济体制改革的启动，当时的政治界、知识界和民众形成高度的共识使“启蒙”和“改革”获得了巨大活力。
方法论的探索
“不好意思，我想出去抽根烟。”采访到一半的时间，秦晓烟瘾发作，起身冲往外阳台。在招商局大厦顶楼平台放眼望去，穿过维多利亚港直至辽阔的海际线，十年间，秦晓大量的思考的时间都是站在这里吞云吐雾间进行。
改革为秦晓这一代知识精英提供了广阔的舞台和实践的空间。1983年，研究生毕业后，秦晓进入中南海工作，成为时任中共中央政治局委员、书记处书记宋任穷的秘书，高层官职生涯使秦晓有机会直接接触到改革的决策层面。
此后由于突出的外语水平，秦晓被调往石油部担任国际司副司长一职，后再调去了中信公司，直至中信公司总经理。2001年，秦晓开始担任招商局集团董事长，肩负亚洲金融风暴重创后的企业改革重组重任。
在改革方向明确的市场中，官员的标签逐步退去，“作为企业领导人，我是授权经营企业的，当然要经营好。一个企业家应该更关注在外部给定条件下他该怎么样做，敏感的企业家会发现，外部是在变化的，他会捕捉其中的机会。此时在我的视野中，不存在国民的概念、所有制的概念，也不存在谁进谁退的概念，我该卖掉就卖掉，该买进就买进来，该怎么优化资源就怎么调整。”秦晓说。
在此其间，秦晓尽可能把自己从国有企业领导这一角色独立出来，成为一个市场经济中的企业经营者角色，他对企业管理进行系统性的学习与研究，并在中信集团初步实施他早期的大型企业战略。
不论企业家如何独立，秦晓依然身在体制内，市场环境的变幻和企业改革发展的进程不能磨灭这位精英知识分子的家国情怀。“在中信期间，就开始看到市场改革进程中的一些问题，尤其是国有企业存在的问题，并且也形成了系列的思考，后来这些问题在亚洲金融风暴中都暴露出来了。”秦晓说。
秦晓对国有企业改革与管理的思考整理成初步的理论体系，铺开了其理论和学术研究之路。“当时的国家经贸委副主任陈清泰就很喜欢我的文章，还推荐我去中央党校讲课。”秦晓说。
世界银行副行长林毅夫也曾惊叹：“秦晓在公务繁忙之余，还努力把工作中的观察、体会总结出来，形成自己的理论判断。他思考的问题范围广、角度新、程度深，让人折服。”
50岁那年，秦晓开始攻读剑桥大学经济学博士学位，“论文写得很苦，收获很大。”秦晓说，严格的学术训练帮他建立起一套缜密的分析问题的方法。
有着强烈主人翁意识的秦晓，在推动改革（不论是企业改革还是社会改革）中，都体现出其强势的一面。他认为“风俗是自上而下的，时尚是自下而上的”，因此，改革者的理念是影响改革成果的最重要因素。
秦晓认为，招商局集团十年的蜕变式发展经验就是，在企业内部形成统一的改革意识，建立一套合理配套的企业管理体系。
而我国20世纪90年代是共识破裂的年代，前十年的“思想启蒙”在推动实现“四个现代化”的经济体制改革中被淡化和遗忘了。政治体制改革被悬置，市场化改革在产权、政府职能、要素价格方面裹足不前，导致改革伴生了诸多社会问题，这些问题的出现又引发了知识界对改革的质疑和恐惧。
2008年的金融危机暴露了过去三十年改革进程伴生的种种问题，秦晓认为解决这些滋生的社会问题、推进国家和社会的进步是一个终极使命，而如何构建社会和如何推进改革是个方法论的问题。
因此，2008年年初，以秦晓为核心的博源基金会成立，以推动学术及政策研究为目标，着眼于研究中国经济、社会及国际关系领域内的中长期问题。这是秦晓为自己退出体制内后继续履行“接班人”职责的平台。
退休后的秦晓再次转换到最初的知识分子角色，对这个国家的前途命运进行思考，并以其学识和影响力参与未来的构建。他这样描述“当代中国问题”：中国的社会转型，便是从一个前现代性（传统）社会转变到一个现代性社会。这一转型自晚清始，已经历了百多年历程，到今天它依然是一个“未完成的计划”；而今重新提出这一目标，并有序地推进这一进程，关乎中华民族的前途和命运，这是“对政治家、社会精英和民众的社会历史责任感的呼唤”。
“我不用什么身份，就是一个普通中国公民，老百姓就可以讲话的嘛。”秦晓说，在他看来，政治就是将多数人团结到自己这边。
