这一切在1959年3月结束。是年，西藏地方政府发动叛乱，桑顶寺正处在动乱的中心地带。叛乱者接二连三闯入寺庙，要求桑顶寺提供枪支、粮食。活佛和几个近侍避出桑顶寺，藏在羊卓雍措的湖心岛上，却仍被叛乱者找到，在枪口的“护送”下，女活佛被迫远走他乡，修行之路就此中断。活佛先被挟持到不丹，再由不丹转道印度。1959年8月，国庆大典前夕，在中国驻噶伦堡商务代理处的帮助下，十二世多吉帕姆活佛辗转至巴基斯坦，又绕道阿富汗、俄罗斯、蒙古，最终于9月底回到北京，结束了六个多月在海外颠沛流离的日子。