抗日战争前夕，日本尝屡次派员前往曲阜，邀请赴日参加日本孔庙落成典礼，均遭拒绝。

夫人孙琪芳在重庆

1937年7月初，驻兖州七十二师师长孙桐萱奉蒋中正委员长之命，连夜安排孔德成夫妇离乡。未几，于武汉发表抗日宣言，其后迁居重庆。1947年抗战胜利迁回南京。1947年5月携夫人回曲阜故里探望。1948年曾赴美考察文化。

1949年，随国民政府迁往台湾，复建台北家庙，倡导儒学。历任考试院院长、总统府资政等公职。

孔德成与二姐孔德懋日本重逢

孔德成夫妇与二姐孔德懋

自1955年起，于台湾大学中文系、人类学系兼任教授，讲授“三礼研究”、“金文研究”、“殷周青铜彝器研究”课程。工书法，从二王入手，后转颜体及北魏张猛龙碑。